Для разработки с Windows Embedded Compact 2013 рекомендуется использовать отдельную виртуальную машину
Используйте инструкцию по ссылке
Другие версии или выпуски до Update 1 не подойдут для работы с Compact 2013
Не устанавливайте набор инструментов версии ниже Update 23. В ранних версиях нет поддержки Visual Studio 2015. При выборе списка компонентов убедитесь, что нет компонентов, отмеченных красным крестиком (подобное свидетельствует об отсутствии каких-либо компонентов, описанных выше, и продолжать в этом случае не имеет смысла).